数理生物学演習 2019年度
第１３回関連リンク
- 配布資料 演習終了後，修正版に変更
- サンプルコード
第１２回関連リンク
第１１回関連リンク
第１０回関連リンク
- 配布資料 Web上での配布のみ
第９回関連リンク
- 配布資料
- サンプルコード・データ
- 補足
- ライフゲームの実装例 CGL_example.ipynb
- L-システム LSystem.ipynb
第８回関連リンク
- 配布資料 演習終了後，修正版に変更
- 論文まとめテンプレート
第７回関連リンク
- 配布資料
- サンプルコード
第６回関連リンク
- 配布資料 修正版に変更（2019.06.02）
- 課題解答例 sample_answer_06.ipynb
第５回関連リンク
- 配布資料
- サンプルコード
- 課題解答例
第４回関連リンク
- 配布資料
- サンプルコード
- 課題解答例
- 競争系・共生系 sample_answer_04_01.ipynb
- 数式処理 sample_answer_04_02.ipynb
第３回関連リンク
- 配布資料
- サンプルコード
- 課題解答例 sample_answer_03.ipynb
第２回関連リンク
- 配布資料 演習終了後，修正版に変更
- サンプルコード
第１回関連リンク
場所
W1-C-202
連絡先
担当教員
- 野下 浩司 noshita at morphometrics.jp
TA
- 伊藤 悠介 uks3tkwbft[at]gmail.com
- 岩波 翔也 iwanamishoya[at]gmail.com
- 永田 拳吾 grsa777[at]gmail.com
- 高木 舜晟 crystal.hk.039[at]gmail.com
- 生駒 千乃 ikomayukino0419[at]gmail.com
- 織田 貴史 takafumihumi1120[at]gmail.com
本演習の関連リンク
参考図書等
ここに挙げたもの以外にもたくさんの教科書・文献が世の中にはある． 自分自身と本の相性もあるので，自分にあったものを探して利用しよう．
数理生物学
教科書
比較的広い内容を扱う数理生物学系の教科書．
- 数理生物学入門
- マレー数理生物学 Mathematical Biology I. An IntroductionとII. Spatial Models and Biomedical Applicationsの日本語訳
- シリーズ 数理生物学要論
- 進化生態学入門―数式で見る生物進化―
- 行動生態学入門
やや発展的・専門的な内容の教科書
- システム生物学入門―生物回路の設計原理―
- 力学系入門
- 感染症の数理モデル
- 作って動かすALife
- ゼロから作るDeep Learning
- 深層学習
- 深層学習
- 理論生物学入門
- Principles of Population Genetics
オムニバス
どちらかというと事例紹介．より研究に近い内容を知りたいとき．
Python
プログラミングはじめての人向け
他のプログラミング言語使ったことある人向け
その他
参考
レポートや論文の作法
文献管理
- Mendeley
- Mendeley: 利用にあたってのご案内
- Mendeley | 九州大学附属図書館
九州大学では機関版を利用できる．
数値計算・シミュレーション
内容（予定）
- Hello, World!
- プログラミングの意義，プログラムが動くまで
- 環境導入
- 個体群動態：離散
- 離散ロジスティックモデル
- 四則演算，繰り返し処理，ファイル入出力，結果の出力
- 個体群動態：連続
- 指数増殖，ロジスティック成長，最終課題へのロードマップ説明
- 条件分岐，数値計算と数式処理
- オイラー法
- 個体群動態：2種あるいは多種系
- ロトカ・ボルテラ モデル，サーカディアンリズム
- 結果の可視化
- ニュートン法
- 突然変異固定までの待ち時間
- 確率過程
- 擬似乱数
- 理論形態学
- Raupモデル，成長管モデル
- 3Dパラメータ表示
- 疫学モデル
- SIRモデル
- 数値積分，関数
- 最小二乗法, Box-Muller法
- 研究をはじめるために
- 文献検索，引用の仕方
- Google Scholor，Web of Science
- 人工生命
- セル・オートマトン，ライフゲーム
- 時間変化する結果の可視化，境界条件
- 中間発表
- 各人，各チームのプレゼン
- パターン形成
- フレンチフラッグモデル，反応拡散系
- ２次元配列
- ニューラルネットワーク
- 応用例紹介：？？？
- 応用例紹介：？？？
- 数理生物学でのプログラミング
- まとめ，最終課題へ向けた調整