数理生物学演習（2019年度）向けPython環境構築

Minicondaの導入

MinicondaはcondaというパッケージマネージャーとPythonを含むディストリビューション． 本演習ではMinicondaを用いてPythonの環境構築をおこない，解析などを進めていく． 導入方法はWindowsとmacOSで若干異なるが，導入後は殆ど同じように使うことが出来る．

ダウンロード

まず，MinicondaのWebページへアクセスし，インストーラをダウンロードする．

自分のOSに合ったインストーラ（3系列）を選択し，ダウンロードする．

インストール Windows

• ダウンロードしたインストーラー（Miniconda-latest-Windows-x86_64.exe）を実行する．
  1. Welcome to Miniconda3 VERSION (64-bit) Setup（VERSIONは時期により異なる）：「Next」をクリック．
  2. License Agreement：確認して問題なければ「I Agree」をクリック．
  3. Select Installation Type：デフォルトでは「Just Me」にチェックが入っている（基本はこれでOK）．
  4. Choose Install Location：デフォルトではC:\users\{username}\Miniconda3にインストールされる．必要に応じて変更しても良い．
  5. Advanced Install Options：「Register Anaconda as my default Python 3.7」にのみチェックして，「Install」をクリック．
  6. Installing：しばし待つ．
  7. Installation Complete：インストールが終了したら「Next」をクリック．
  8. Thanks for installing Miniconda3!：「Finish」をクリック．

インストール　macOS

• ダウンロードしたインストーラー（Miniconda-latest-MacOSX-x86_64.pkg）を実行する．
  1. ようこそMiniconda3インストーラへ：「続ける」をクリック．
  2. 大切な情報：確認して問題なければ「続ける」をクリック．
  3. 使用許諾契約：確認して問題なければ「続ける」をクリックし，「同意する」をクリック．
  4. “Machintosh HD”に標準インストール：インストール先を変更したい場合は「インストール先を変更…」から選択．基本的にはそのままでOK．「インストール」をクリック．
  5. Miniconda3のインストール：しばし待つ．
  6. インストールが完了しました。：「閉じる」をクリック．

最初の設定

conda及びパッケージの更新

ターミナル（WindowsではAnaconda Prompt，macOSではターミナル）に以下のコマンドを入力しcondaとインストール済みパッケージを更新する．

# condaの更新
conda update conda
conda update --all
conda update -n base conda

仮想環境の作成

本演習用の仮想環境を作成する．

# 仮想環境の作成
# ここでは「compbio2019」という名前の仮想環境をバージョン3.7で作っている．
# conda create -n 名前 python=バージョン
conda create -n compbio2019 python=3.7

確認してみよう．

# 仮想環境の一覧
conda info -e

仮想環境の起動・終了

作成しただけでは仮想環境は有効化されていない． 以下のコマンドで仮想環境に入ろう．

# 仮想環境の起動
# conda activate 名前
conda activate compbio2019

仮想環境から抜けたい場合は以下の通り．

# 仮想環境の終了
conda deactivate

もしcondaコマンドが見つからないといったメッセージが出た場合は一度ターミナルを終了し， もう一度仮想環境の起動から試してみよう．それでもうまくいかないときは手を挙げてTAを呼ぼう！

パッケージのインストール・更新

以下の作業はすべて，演習用の仮想環境内でおこなう．

一度，インストール済みのパッケージを更新する．

# すべてのパッケージの更新
conda update --all

その後，今後の演習に必要な基本的なパッケージをインストールする． ここでは

• NumPy: 数値計算
• SciPy: 科学計算関係
• Matplotlib: プロット関係
• Pandas: データ解析関係
• Jupyter: 解析・開発環境関係

をインストールする．

# 必要なパッケージのインストール
conda install numpy scipy matplotlib pandas jupyter

ここに挙げた以外のパッケージが必要になった場合はその都度指示する．

基本的な使い方

Jupyter Notebookの起動・操作

設定した仮想環境内でJupyter Notebookを起動しよう．

# Jupyter Notebook Serverの起動
jupyter notebook

デフォルトのブラウザ（EdgeとかChromeとかFirefoxとか）が起動し，そこにJupyter Notebookのダッシュボード画面が表示される．Chromeが（他のブラウザに比べて）安定しているようなのでChromeで開くことをおすすめする．

起動コマンドを実行した場所が表示されるので，演習用のディレクトリへ移動する．

例えば，~/CompBio2019/01などへ移動する．

作業を行いたいディレクトリへ移動できたら，ノートブックを作成する． ダッシュボード画面から New → Python 3と辿り，クリックする．

新しいタブが開き，そこにノートブック画面が表示される． ダッシュボードのタブを確認すると Untitled.ipynb というファイルが作成されていることが確認できる． 名前は適宜変更する．

各セルにコードを打ち込み，Shift + Enterで実行できる．

In [i]: のセル（iはセルの番号）は入力，それに対応する出力は Out [i]: のセルへ表示される．

もし途中でブラウザを閉じてしまった場合

ターミナルが残っていれば，

Copy/paste this URL into your browser when you connect for the first time.
to login with a token:

以下に表示されているURLをブラウザに入力することで再びダッシュボード画面に入ることができる．