最近のtips 2019.10

Fiji(ImageJ)での顕微鏡画像のマージ

染色画像をマージしたいときの作業.

それぞれの染色画像を読み込み.

Image → Color → Merge

それぞれの画像をどれに割り当てるかを指定.

Homebrewでパッケージ更新時のRuntimeError: cmake not present or broken

Homebrewでパッケージ更新をおこなうと以下のようなエラーが出た.

>>> brew upgrade
...
Error: An exception occurred whithin a child process:
	RuntimeError: PATH_TO_HOMEBREW/opt/cmake not present or broken
	Please reinstall cmake. Sorry :(
...

cmakeを再インストールして,再度upgradeを試すが同様のエラーが発生.

一旦,unlinkして再度linkすれば良いらしい.

>>> brew unlink cmake
Unlinking PATH_TO_HOMEBREW/Cellar/cmake/3.15.3... 0 symlinks removed
>>> brew link cmake
Linking PATH_TO_HOMEBREW/Cellar/cmake/3.15.3... 455 symlinks created

どうもcmakeのsymlinkがなくなっていたっぽい?

Pipenvでのローカルな環境変数の定義

.envファイルをプロジェクトのルートに配置することで, 自動的にローカルな環境変数を読み込むことができる.

.envをバージョン管理システムへコミットすることは非推奨. APIキーとかに利用できる.

mkdirコマンドで連番ディレクトリ作成

# 1 - 20までのディレクトリ作成
mkdir {1..20}

# prefixやsuffixがある場合でも可能
# 0埋めもできる
mkdir Num_{005..015}

# アルファベットでも連番作成可能
# ここではa - eを作成
mkdir {a..e}