環境構築 Python


Anacondaの導入

AnacondaはPython(とR)のデータサイエンス向けディストリビューション(パッケージやツールなどをまとめたもの). 本演習ではAnacondaを用いてPythonの環境構築をおこない,解析などを進めていく. 導入方法はWindowsとmacOSで若干異なるが,導入後は殆ど同じように使うことが出来る.

ダウンロード

まず,AnacondaのWebページへアクセスし,インストーラをダウンロードする.

Anaconda

Topページ → Download → 自分のOSに合ったインストーラを選択.

Anaconda

3系列を選択し,ダウンロードする(以下の画像はWindowsの場合).

Anaconda

インストール Windows

特に問題がなければ,「Next」をクリックしインストールを進める.

Anaconda

ライセンスに同意.「I Agree」をクリックしインストールを進める.

Anaconda

通常は,「Just Me」を選択すれば良いが,もしPC上の全てのユーザーが利用できるようにしたければ「All Users」を選択(この場合は管理者権限で実行する必要がある).

Anaconda

インストール先を選ぶ.特にこだわりがなければデフォルトで良い.

Anaconda

「Register Anaconda as my default Python 3.6」にのみチェックを入れる.

Anaconda

インストールの実行をしばし待つ.

Anaconda

「Install Microsoft VSCode」を選択し,

Anaconda

「はい」を選択し,インストール.

Anaconda

全てが問題なく終了すれば,「Finish」をクリックしてインストール完了.

Anaconda

インストール macOS

特に問題がなければ,「続ける」を選択してインストールを進める.

Anaconda

Anaconda

Anaconda

もし,デフォルト以外の場所にインストールしたい場合は変更する. 特に問題がなければ,「続ける」を選択してインストールを進める.

Anaconda

インストールの実行をしばし待つ.

Anaconda

「Install Microsoft VSCode」を選択し,インストール.

Anaconda

全てが問題なく終了すれば,「閉じる」をクリックしてインストール完了.

確認

「Anaconda Navigator」を実行(Windowsの場合は,「Anaconda Navigator」.macOSの場合は,「Anaconda-Navigator.).

起動すればインストール出来たことになる.

Anaconda

最初の設定

Anaconda Navigator及びパッケージの更新

Environments → Update Index… と辿り,Anaconda Navigatorを含むパッケージを更新.

Anaconda

Anaconda Navigatorのより新しいバージョンがあれば更新する.

Anaconda

仮想環境の作成

Environments → Create をクリックし,仮想環境を作る. 仮想環境を用いることで必要に応じて適切なプログラミング環境を構築できる(皆が同じ状況を作れる). 以下では,

  • 環境名(これは任意): compbio
  • バージョン: 3.6

として仮想環境を作成して,利用する.

Anaconda

compbioの横にある ▶ から Open Terminalをクリック.

Anaconda

Windowsではコマンドプロンプト,macOSではターミナルが起動する.

Anaconda

仮想環境の更新・パッケージのインストール

先程開いたターミナル(Windowsではコマンドプロンプト,macOSではターミナル)に以下のコマンドを入力し仮想環境を更新する.

# condaの更新
conda update --all
conda update -n base conda

その後,今後の演習に必要なパッケージをインストールする. ここでは

  • NumPy: 数値計算
  • SciPy: 科学計算関係
  • Matplotlib: プロット関係
  • Pandas: データ解析関係
  • Jupyter: 解析・開発環境関係

をインストールする.

# 必要なパッケージのインストール
conda install numpy scipy matplotlib pandas jupyter

基本的な使い方

「Anaconda Navigator」を起点に

  • 「Environments」で仮想環境を選択
  • 利用する仮想環境の「Open with Jupyter Notebook」からJupyter Notebookを起動
  • Jupyter Notebookを使って解析

という流れになる.

Jupyter Notebookの操作

Jupyter Notebookの起動はcompbioの横にある ▶ から Open with Jupyter Notebook をクリック.

Anaconda

デフォルトのブラウザ(EdgeとかChromeとかFirefoxとか)が起動し,そこにJupyter Notebookのダッシュボード画面が表示される. 通常は自分のホームディレクトリが表示されるので,演習用のディレクトリへ移動する.

例えば,~/CompBio2018/CompBio2018Code/04などへ移動する.

Anaconda

作業を行いたいディレクトリへ移動できたら,ノートブックを作成する. ダッシュボード画面から New → Python 3と辿り,クリックする.

Anaconda

新しいタブが開き,そこにノートブック画面が表示される. ダッシュボードのタブを確認すると Untitled.ipynb というファイルが作成されていることが確認できる. 名前は適宜変更する.

Anaconda

各セルにコードを打ち込み,Shift + Enterで実行できる.

In [i]: のセル(iはセルの番号)は入力,それに対応する出力は Out [i]: のセルへ表示される.

Anaconda

もし途中でブラウザを閉じてしまった場合

Open with Jupyter NotebookからJupyter Notebookを起動した場合,同時にターミナルも起動している. ターミナルが残っていれば,

Copy/paste this URL into your browser when you connect for the first time.
to login with a token:

以下に表示されているURLをブラウザに入力することで再びダッシュボード画面に入ることができる.

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